1803 wurde das Kloster säkularisiert. Der Kirchenbrand (infolge Blitzschlags) von 1813, bei dem auch die anschließenden Klostertrakte in Mitleidenschaft gezogen worden waren, bedeutete den Anfang des Abbruchs großer Teile der ehemaligen Barockanlage.
1918 konnte das Kloster mit Hilfe eines Vermächtnisses des Niederalteicher Religionsprofessors Franz Xaver Knabenbauer († 1908) von der Abtei Metten wiederbesiedelt werden.
Durch die Versetzung der Kinderfreund-Benediktiner (gegründet von Pater Edmund Hager in Martinsbühel) von Tirol nach Niederaltaich wuchs der Konvent 1927 zu einer Gemeinschaft von mehr als 80 Mönchen an.
In den 1930er Jahren begann Prior Emmanuel Heufelder mit der ökumenischen Arbeit des Klosters, womit er der Gemeinschaft in wirtschaftlich schwierigen Zeiten eine neue ideelle Zielsetzung gab. Nach dem Ende des Krieges war es zunächst offen, ob die "Ostarbeit", wie man damals sagte, wieder aufgenommen werden konnte.
Doch durch den Eintritt neuer Mitbrüder (darunter zwei Russen) konnte der von Papst Pius XI. bereits 1924 geäußerte Wunsch verwirklicht werden, Benediktinermönche mögen den byzantinischen Ritus annehmen, um im Geist der Ostkirche zu leben und so eine geistliche Brücke zum Osten zu bauen. Innerhalb der klösterlichen Gemeinschaft begannen einige Mönche, das tägliche Stundengebet und die eucharistische Liturgie im byzantinischen Ritus zu feiern.
1955 konnte dafür eine erste kleine Kapelle eingerichtet werden,
1986 dann – in den Räumen der ehemaligen Brauerei – eine große und eine kleine byzantinische Kirche.
1962/65 wurde das Ökumenische Institut errichtet.
Der zwischen den stehengebliebenen Teilen der barocken Klosteranlage 1953/54 errichtete Verbindungstrakt, in dem bis 1994 das Internat untergebracht war, wurde 1999/2001 zum Tagungs- und Gästehaus St. Pirmin völlig neu ausgebaut.