Das Bachneunauge hat einen wurmartigen Körper sowie ein kieferloses Saugmaul mit einer runden Maulscheibe. Es hat keine Schuppen und keine paarigen Flossen. Der hintere Abschnitt mit Schwanz- und Afterflosse bildet einen durchgehenden Flossensaum. Auch die erste und zweite Rückenflosse sind miteinander verbunden. Während die Oberseite des Körpers dunkelblau bis dunkelgrün gefärbt ist, sind die Flanken gelblich grün und die Bauchseite silbrig. Der Name des Bachneunauges ergibt sich wie folgt: 7 Kiemenöffnungen auf jeder Seite sowie 1 Nasenöffnung und 1 Auge. Neunaugen sind keine Fische, sondern gehört zur Klasse der Rundmäuler. Die Larven des Tieres nennen sich Querder, welche sich von Kleinstlebewesen und Pflanzlichen Abfall ernähren. Dadurch, dass sich die Verdauungsorgane zurück bilden, nehmen erwachsene Bachneunaugen keine Nahrung auf. Sie befinden sich dabei lediglich im Stadium der Vermehrung und sterben nach der Paarung. Das Auftreten von Bachneunaugen ist ein Hinweis auf gute und intakte Gewässer.
Dieser Fisch gehört zu den geschützten Arten.