Dette direktiv tager også højde for den fælles fiskeripolitik, idet det giver mulighed for en bæredygtig udnyttelse af fiskeressourcerne, mens det samtidig respekterer økosystemernes integritet, så de kan bevares eller genoprettes, og, hvor det er nødvendigt, kan æglægningssteder, tilflugtssteder og fodringssteder beskyttes.
Tato směrnice rovněž zohledňuje společnou rybářskou politiku, která zajišťuje schůdné využívání zdrojů ryb při dodržení integrity ekosystémů, aby bylo možné je zachovat či obnovit a, pokud to bude nutné, chránit místa kladení vajíček, krytí a krmení.