Haagprogrammet fastsatte efterfølgende nye målsætninger, navnlig i forbindelse med "bekæmpelse af terrorisme", for at gøre videre fremskridt i overførslen til EU-kompetence af dette område, der ligger i selve kernen af staternes suverænitet.
V Haagském programu se v návaznosti na to stanovily nové cíle, především v souvislosti s bojem proti terorismu, aby se tato oblast, která je ústředním bodem suverenity členských států, postupně přesunula na úroveň Společenství.