Samuti oleme suutnud kiiresti jagu saada lahkarvamustest, näiteks instituudi sõltumatuse astme kohta või selle kohta, kui kaua peaks kestma pilootetapid, milline peaks olema instituudi suhe teadusuuringute seitsmenda raamprogrammiga, teiste väljatõrjumine ja isegi see, millest räägitakse kui "instituudi sildist”, s.o küsimus, kas sel sildil tuleks kõike näidata, kui projekt käivitatakse instituudi lipu all.
Dokázali jsme velmi rychle vyřešit sporné otázky, například rozsah nezávislosti EIT, délku trvání pilotní fáze, vztah EIT k Sedmému rámcovému výzkumnému programu, otázku kanibalizace, a dokonce to, čemu se říká "nálepka EIT", tj. otázka, co všechno by měla tato nálepka obsahovat, když je projekt uveden pod vlajkou EIT.