Οι κύριες αρμοδιότητες της Αρχής είναι, επομένως, η αξιολόγηση και κοινοποίηση του κινδύνου, το σύστημα έγκαιρης προειδοποίησης με τη βοήθεια των πέντε επιτροπών για τα τρόφιμα, οι καλύτερες δημόσιες επαφές με τον καταναλωτή σε ερωτήσεις σχετικές με τα τρόφιμα και την ασφάλειά τους, η καλύτερη δυνατή διασύνδεση με επιστημονικά ιδρύματα και ελεγκτικά όργανα στα κράτη μέλη, ούτως ώστε να διασφαλιστεί ο επιτόπιος έλεγχος από τον παραγωγό μέχρι τον καταναλωτή.
Myndighedens centrale opgaver er derfor risikovurdering og risikokommunikation, et hurtigt varslingssystem ved hjælp af de fem fødevareudvalg i forening, en optimal information af forbrugerne om spørgsmål vedrørende fødevarer og disses sikkerhed og et optimalt netværk mellem forskningsinstitutioner og kontrolorganer i medlemsstaterne for også på lokalt plan at sikre kontrollen fra producent til forbruger.