Det foreslåede EIT vil kopiere og komme i konflikt med nuværende EU-programmer, som f.eks. rammeprogrammet for forskning, konkurrence- og innovationsprogrammet og handlingsprogrammet for livslang læring.
Kavandatav EIT dubleerib ELi programme ja läheb nendega vastuollu (teadusuuringute raamprogramm, konkurentsivõime ja uuendustegevuse programm ja elukestva õppe programm).