И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.
However, this regulation has indicated right from first reading a number of disagreements between the Council and Parliament on the following aspects: fingerprinting of children up to the age of six with the risk of ignoring details of the costs and inconvenience which parents would face every time their children's fingerprints change; new challenges on how to organise the collection of biometric data; and last but not least, the lack of experience which Member States have with regard to managing the storage of personal data and technical errors.