Sin embargo, este reglamento ha indicado ya desde la primera lectura una serie de discrepancias entre el Consejo y el Parlamento sobre los siguientes aspectos: la toma de huellas digitales de los niños hasta la edad de seis años con el riesgo de ignorar detalles sobre el coste y el inconveniente que supondría para los padres cada vez que las huellas digitales de sus hijos cambiasen, nuevos retos sobre el modo de gestionar la recogida de datos biométricos y, por último, pero no por ello menos importante, la falta de experiencia de los Estados miembros con respecto a la gestión del almacenamiento de datos personales y errores técnicos.
И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.