Tämä asetus on kuitenkin ensimmäisestä käsittelystä alkaen aiheuttanut erimielisyyttä neuvoston ja parlamentin välille seuraavista seikoista: alle kuusivuotiaiden lasten sormenjälkien ottaminen ja lasten sormenjälkien muuttumisesta vanhemmille koituvien kulujen ja hankaluuksien mahdollinen huomiotta jättäminen, biometristen tietojen keräyksen järjestämistä koskevat uudet haasteet ja viimeisenä muttei vähäisimpänä jäsenvaltioiden kokemuksen puute henkilötietojen tallentamisen hoitamisesta ja teknisistä virheistä.
И все пак, този регламент още на първо четене разкри ред несъгласия между Съвета и Парламента относно следните аспекти: снемане на пръстови отпечатъци от деца до шестгодишна възраст с риск да се пренебрегнат всички подробности, свързани с разходите и неудобствата, които биха могли да срещнат родителите при всяка промяна в пръстовите отпечатъци на техните деца; нови предизвикателства, свързани с начина на организация на събирането на биометрични данни; и не на последно място - липсата на опит в държавите-членки по отношение на управлението на базите данни за съхранение на личните данни и справянето с техническите грешки.