Navzdory skutečnosti, že agentura byla zřízena na základě Smlouvy o Euratomu s právní subjektivitou a značným stupněm finanční autonomie, její propojení na Komisi tvoří složitý a málo transparentní finanční mechanismus, který poskytuje jen omezený přístup k finančním informacím.
Vaikka hankintakeskus perustettiin Euratomin perustamissopimuksen nojalla oikeussubjektiksi, joka on taloudellisesti pitkälti riippumaton, sen suhde komissioon tekee rahoitusmekanismista monimutkaisen ja vaikeaselkoisen, minkä vuoksi rahoitusta koskevat tiedot ovat vain rajoitetusti saatavilla.