Tento systém vedl k tomu, že z výroby odchází mnoho malých a středně velkých zemědělských podniků a rodinných farem a že se vylidňují venkovské oblasti, že dochází ke ztrátám biodiverzity a že se snižuje šance dosáhnout cíle potravinové soběstačnosti v určitých členských státech, zejména v Portugalsku.
Dėl šios sistemos nemažai mažų ir vidutinių ūkininkų ir šeimos ūkių buvo priversti atsisakyti gamybos ir apleisti kaimo vietoves, sukėlbioįvairovės nuostolius ir sumažino galimybę užtikrinti kai kurių valstybių narių, pirmiausia Portugalijos, maisto suverenumą.