Efter vores opfattelse har den nye traktat dog også visse mangler: Europa-Parlamentet bør ikke kun høres om udnævnelsen af den første højtstående repræsentant og næstformand i Kommissionen, der indsættes den 1. januar 2009, men også i forbindelse med den senere midlertidige udnævnelse, og naturligvis når hele Kommissionen skal udnævnes, herunder Kommissionens næstformand for udenrigsanliggender.
Meie seisukohast on uuel lepingul siiski ka mõned puudused - uue kõrge esindaja ja komisjoni asepresidendi ametissenimetamisel tuleks konsulteerida Euroopa Parlamendiga, mitte ainult seoses esimese isikuga, kes 1. jaanuaril 2009 ametisse astub, vaid ka järgneva vahepealse määramise korral ning ilmselgelt juhul, kui valitakse komisjon tervikuna, sealhulgas välisasjade asepresident.