Dette direktiv tager også højde for den fælles fiskeripolitik, idet det giver mulighed for en bæredygtig udnyttelse af fiskeressourcerne, mens det samtidig respekterer økosystemernes integritet, så de kan bevares eller genoprettes, og, hvor det er nødvendigt, kan æglægningssteder, tilflugtssteder og fodringssteder beskyttes.
Direktiivis võetakse ka arvesse ühtset kalanduspoliitikat, tagades kalavarude elujõulise kasutamise, austades samal ajal ökosüsteemide terviklikkust, nii et neid on võimalik säilitada või taastada ja vajadusel kaitsta pesitsus-, varjumis- ja toitumispaiku.