Kommissionen har ydet finansiel støtte til de føderale overgangsinstitutioner, der blev etableret i 2004. Det forekom berettiget på daværende tidspunkt, men det har udløst anklager mod EU for at vælge side i en væbnet konflikt og i den forbindelse samarbejde med Etiopien mod de kræfter, som helst så et strengt islamisk styre ved magten.
Komisjoni rahaline toetus 2004. aastal loodud föderaalsele üleminekuvalitsusele tundus omal ajal õigustatud, kuid viis süüdistuseni, nagu oleks Euroopa Liit relvastatud konfliktis ühe või teise osapoole poolt ning teeb seega Etioopiaga koostööd nende jõudude vastu, kes eelistasid näha võimul ranget Islami režiimi.