Näistä ansioista huolimatta Euroopan parlamentin, komission ja neuvoston kannat ovat eronneet neljässä kohtaa, jotka siirrettiin sovittelumenettelyyn: viittaan talousarvioon, komitologiaan, LIFE-rahoitusvälineen neljännen vaiheen ennakointiin ja ympäristön LIFE-tuen tavoitteisiin.
Trods disse gode sider bestod der fire punkter, hvor der herskede uenighed mellem Europa-Parlamentet, Kommissionen og Rådet, hvilket derpå blev henvist til afgørelse via forligsproceduren. Disse fire punkter vedrørte budgettet, komitologispørgsmålet, forslaget om et opfølgningsprogram for Life og målsætningerne i Life-miljø.