Raja-arvojen tasoon eli kullekin maalle asetettuun päästörajaan liittyvätkin suurimmat erimielisyydet direktiivin toteuttamisessa.
I forbindelse med gennemførelsen af direktivet er der da også store meningsforskelle vedrørende grænseværdierne, det vil sige det emissionsloft, der er fastsat for hvert land.