Les raisons de cette mauvaise gestion, également mise en évidence par la Cour des comptes de l'Union européenne, sont essentiellement au nombre de trois : premièrement, le manque de programmation et une interaction insuffisante entre les mesures financées et les divers instruments financiers, facteurs qui n'ont pas permis de créer la valeur ajoutée escomptée ; deuxièmement, l'absence d'une vision globale qui a débouché sur la définition de projets insuffisamment ambitieux ; troisièmement, les retards accumulés dans la clôture d'anciens projets et programmes, dus en grande partie à l'absence de documents justificatifs des dépenses encourues.
For det første den manglende planlægning og det ringe samspil mellem de finansierede foranstaltninger og mellem de forskellige finansielle instrumenter, hvilket ikke gav mulighed for at skabe den forventede merværdi. For det andet mangelen på en overordnet indfaldsvinkel, hvilket førte til fastlæggelsen af nogle projekter, der ikke var tilstrækkeligt ambitiøse.