Par ailleurs, le pays a payé le prix fort de la guerre dans le Kosovo voisin, que ce soit en termes de soutien logistique aux forces de l'OTAN ou de recul des exportations vers le nord de l'Europe.
Makedonien har desuden betalt en meget høj pris for krigen i naboområdet Kosovo, både fordi de rent logistisk skulle stå til rådighed for NATO-styrkerne, og fordi eksporten til Nordeuropa faldt.