Le Parlement avait quatre critiques principales en ce qui concerne le système de comitologie tel qu'il existait avant la nouvelle décision du Conseil à laquelle s'est ajoutée cet accord interinstitutionnel.
Parlamentet havde fire centrale kritikpunkter vedrørende komitologisystemet, som det så ud før den nye afgørelse fra Rådet, der suppleres af denne interinstitutionelle aftale.