Annak ellenére, hogy az Ügynökséget az Euratom-Szerződés alapjaira építették, mint magasfokú pénzügyi önállósággal rendelkező jogi személy, a Bizottsághoz fűződő kapcsolata bonyolult és átláthatatlan pénzügyi mechanizmust hozott létre, mivel a pénzügyi információkhoz csak korlátozott hozzáférést enged.
Trods det faktum, at agenturet blev oprettet på baggrund af Euratomtraktaten som en separat retlig enhed med en høj grad af finansiel autonomi, skaber dets forbindelse til Kommissionen en kompliceret og uigennemsigtig finansiel mekanisme, der kun giver begrænset adgang til finansielle oplysninger.